Na meer dan dertig jaar dienst als een van de top piloten van de marine, is Pete "Maverick" Mitchell (Tom Cruise) waar hij thuishoort. Hij draagt de fakkel over aan een heldhaftige testpiloot en doet afstand van de promotie waar hij recht op had.

Wanneer hij Top Gun-afgestudeerden traint voor een speciale missie, ontmoet Maverick Lt. Bradley Bradshaw (Miles Teller), roepnaam: 'Rooster', de zoon van Maverick's overleden vriend Lt. Nick Bradshaw, ook bekend als 'Goose'.

Met een onzekere toekomst en een bewogen verleden, moet Maverick zijn diepste angsten trotseren. Deze vloeien voort uit een missie die de ultieme opoffering vereist van degenen die worden uitgekozen om ermee te vliegen.